1.秸秆燃料锅炉以农林秸秆废弃物为燃料，燃烧干净无污染，而燃煤锅炉以矿石燃料煤为燃料，使用时产生更多的粉尘、硫氧化物和氮氧化物。由于燃煤锅炉对环境的污染很大，政府已经全面禁止燃煤。
2.秸秆燃料锅炉具有直接排放不冒烟、不怕结渣、不腐蚀特点，而燃煤锅烟尘污染大、燃烧不充分浪费大、不节能环保。
3.秸秆燃料锅炉具有更好的耐久性、稳定性和节能性。